1、深埋处理
深埋处理，首先要选择合适的深埋场。场地一定要选在远离居民生活区、禽畜养殖区、水体和水源，地质稳定，且在居民生活区的下风处，在生活取水点的下游，避开雨水汇集地，方便病死禽畜运输和消毒杀菌.其次，一定要挖深坑。对大批量处理的病死禽畜，覆土后病死禽畜离地面至少要有三米深；个别处理的病死禽畜，覆土后病死禽畜也要离地面至少一米深，且要保证病死禽畜不被野狗等动物扒出来。再次，一定要做好消毒杀菌处理。深坑一定要铺放大量的生石灰、烧碱等消毒剂，然后放一层病死禽畜撒一层生石灰，最后再覆土。覆土后，再对掩埋地周边喷洒消毒剂。
2、焚烧处理
焚烧处理一般为畜牧类养殖采用（如猪、牛、羊等），如果养殖场周围有采用焚烧炉的垃圾处理场，则可以把病死禽畜集中运输到垃圾处理厂，让专业的焚烧炉进行焚烧。这种方法比较适合大规模养殖场等企业无害化处理病死禽畜。对于附近无垃圾焚烧厂的养殖场或小规模养殖户，则可自行建造小型焚烧炉，配合利用沼气、木柴等生态燃料对病死禽畜进行焚烧，但需配套安装炉盖与废气导管，并在废气排出口安装简易的喷淋装置，以作净化废气用。另外，焚烧炉要建在远离水源和居民生活区的空旷地，且要在居民生活区的下风处。
3、自然分解处理
自然分解法就是建造一个容积大的带密封盖的水泥池井，池底不需铺水泥硬化，把病死禽畜投进池井里，再用盖子封紧井口，让病死禽畜的尸体自然分解。如果是疫病引起的病死禽畜，最好混合生石灰一起投池井内。分解池的建造也要远离水源和居民生活区，虽然前期投入的成本比较高，但利用自然分解是无害化处理病死禽畜最环保节能的方法，处理能力也比较好，适合大量集中处理病死禽畜。