由于农业作业方式的改变和农民生活水平的提高，一些农村地区不再将植物秸秆作为主要的生活燃料，而是将其付之一炬，一烧了之。现在城市雾霾现象越来越严重，就和秸杆的燃烧有很大关系。
一、浪费生物资源：农作物秸秆是农业生产系统中一项宝贵的生物资源，也是保持生态平衡的重要物质基础。据测定，每100kg农作物秸秆中含有机质15%以上，氮、磷、钾营养元素含量分别是：小麦秸秆0.64、0.29、1.07，油菜秸秆0.656、0.344、2.109，水稻秸秆0.51、0.12、2.7，玉米秸秆0.61、0.21、2.28，并含一些中、微量元素。如果将1亩麦类秸秆直接还田，相当于增施55公斤有机质，15公斤碳铵、3公斤过磷酸钙、7.5公斤硫酸钾，可以增加土壤有机质含量，减少化肥用量、增强土壤的抗旱保水能力。如果将秸秆焚烧处理，造成大量有机质和氮、磷、钾的丢失，据测定，焚烧后碳损失80%以上，氮损失70%，磷、钾损失30%，且剩余的磷约25%转化为缓效态或固定态。实践证明，秸秆还田，可增加土壤有机质，提高耕地的综合生产能力，减少化肥、农药的施用量，减轻农业面源污染，提高抗御自然灾害的能力。
二、破坏土壤生态平衡：
焚烧秸秆使土壤生态平衡受到破坏。土壤是由固体（无机体和有机体）、液体（土壤水分）和气体（土壤空气）组成的三相复合系统。每个组分都有自身的理化性质，相互间处于相对稳定或变化状态。每种土壤都有特定的微生物区系。小范围内，土壤中的有机物质、养分、水热资源处于一种平衡。秸秆焚烧破坏了这种平衡，主要表现在:一是烧死微生物。焚烧秸秆时产生温度高达700℃，田间过火一遍，大量有益微生物被烧死、破坏了“土肥相融”，使腐殖质与矿质土粒紧密结合形成的有机无机复合胶体解体，把活土变为了死土；二是烧毁有机物，使秸秆中的炭、氮、木质纤维、树脂等有机物质燃烧殆尽，只剩下一点灰分和无机元素，失去由秸秆还田增加土壤有机质带来的种种益处；三是燃油残留物污染土壤，机收后的麦秸，一般不能直接点火燃烧，很多农户均向秸秆增洒燃油后，才进行焚烧，把燃油中的重金属等有害物质直接或间接遗留在土壤中，造成对土壤的污染。
三、影响人民身体健康：野外焚烧秸秆，导致空气中总悬浮颗粒数量明显升高，对人们的健康造成严重危害。据测定，秸秆焚烧产生的烟雾中含有大量的CO、CO2、氮氧化物、光化学氧化剂和悬浮颗粒等物质，严重地段空气中悬浮颗粒浓度是全年均值的7倍以上、CO2浓度是全年均值的9倍以上，这些物质被人体吸入或接触后将会造成伤害。特别是在小春收获期间，遇到冷空气下降，空气对流慢时，加之秸秆焚烧区域、时段均相对集中，在短时期内大量烟雾很难散尽，使得空气中烟尘、颗粒物和其他污染物的浓度急剧增加，空气质量迅速下降，使人们的呼吸道、眼科疾病发病率和复发率明显提高，对中老年和儿童及患有呼吸道疾病的人影响最大，严重时会造成人畜窒息。