1、掺假
粒度细的原料最容易掺假。一般来说，掺假不仅改变原有原料的化学成分，降低其营养价值，而且严重时会出现毒性。如鱼粉，由于鱼粉价格昂贵，是容易被掺假的饲料原料之一，粉碎较细的贝壳、骨壳、棉籽饼、菜子饼、羽毛粉、鞣革粉及尿素等都可以掺入。总之，现在市场上原料混杂，很多出现掺假现象，因此养殖户在购买时应多加注意。
2、自然变异
饲料原料养分含量的变异系数平均为10%，一般在10%—15%范围内是正常的，这是由于地区、年份、品种、土壤肥力、气候条件及收割时间不同而引起的，这就使得同一种原料其营养成分含量有所不同。我国各地都有玉米种植，尤以东北、华北和西南各省较多，东北地区普遍种植硬粒型玉米，华北多种植马齿型玉米。在粗蛋白含量上硬粒玉米比马齿型高0.2个百分点。
3、加工
由于加工方法和加工技术不同，也会导致原料质量出现差异。例如，常见的原料——棉耔饼、粕以及菜籽饼、粕等，加工时是否脱壳及脱壳程度高低均影响其质量。另外，骨粉、羽毛粉、血粉等加工技术不同，营养价值差别也很大。