鳗鱼对水质的要求比较高，在鳗鱼养殖过程中要重视水质的调节。放养前，绝大部分的泥塘都使用生石灰150-250公斤/亩作清塘消毒，池水30-40厘米深时消毒，可将池水pH值得高到11以上，既可清除野杂鱼类、水中昆虫，又可改良池底土质的酸性。加注水至适当水深，一般15-20天后pH值可回落至8-9之间，经过试水(用鱼作试养)，石灰毒性消失后即可放养鳗鱼，若pH值过高(石灰毒性未完全消失)便放养，会造成鳗鱼脱粘死亡。
养殖过程中要求水质控制到“嫩绿”、“清爽”。养殖水体中要有适量的蓝绿藻繁殖，藻类可起到遮荫、增氧和稳定水质的作用。有时水质清瘦、混浊或有浮游动物的大量繁殖会破坏水质，使藻类不能正常生长；有时水体中藻类很少，使得水体变得清瘦，这都会影响鳗鱼的摄食和生长，这时，可采用“引种”、施肥办法，同时用保水王(光合细菌)2-3×10-6，先在阳光下活化1-2小时，然后全池泼洒，可促进藻类的迅速繁殖。有时水体中悬浮物很多，显得很混浊，可先用高锰酸钾1×10-6处理，再用以上方法可培养藻类繁殖。另外要经常巡塘，发现池边有“水蛛”浮游动物出现时，及时使用克虫B1型，每瓶2-3亩或蛛虫煞星每瓶3-4亩，沿池边2米左右范围泼洒，并停开增氧机1-2小时，时间选择在晴天的早上或傍晚使用，这是因浮游动物繁殖迅猛时，它们2-3天可吃光水体中藻类，使水体发生“水变”。而藻类过量繁殖会使水体变得绿而浊，不清爽，甚至出现“水华”，特别夏季藻类的过量繁殖对鳗鱼的摄食生长不利，这时可采用换水的办法，达到减少藻类的目的。在没有水换的情况下，可借用药物杀死部分藻类。通常采用硫酸铜0.3×10-6在下风处藻类集中的地方多点泼洒或用“蓝博士”1×10-6，新的办法可用优马林(环保产品)0.5-0.6×10-6加病毒净0.3-0.4×10-6其效果优良，使用更安全。杀藻剂使用后，藻类死亡容易使水质变化，需注意增氧及调节水质。
经常检测池水各项指标如：溶氧、氨氮、亚硝酸盐、pH值等，可使用水质分析盒作简易测定。溶氧不足，要增加开增氧机台数和时间，换新鲜水或施用增氧剂使水体中经常保持充足的溶氧。氨氮偏高可用保水王2-3×10-6或益池保0.2-0.35×10-6全池泼洒，这些微生物制剂既使用安全又能迅速分解水体中有机物从而降低氨氮。亚硝酸盐偏高，使用反硝化细菌制剂可迅速降低亚硝酸盐含量。pH值偏高可使用降碱灵调节；pH值偏低，可定期用生石灰20×10-6全池泼洒，最好每隔10-15天使用一次，大雨过后用生石灰调节。水体中大型水生植物和螺类的大量繁殖，也会影响水质，水生植物空塘时可用硫酸铜杀灭，或用人工捞取办法处理。螺类除使水体变得清瘦外，还是多种寄生虫的中间宿主，可用克虫C型(0.25-0.35×10-6)全池泼洒杀灭他们，对鳗鱼没有影响。
经常保持良好的水质环境，鳗鱼摄食正常，减少病害的发生，能快速生长，反之则造成鳗鱼摄食差，病害多、生长慢、饵料系数高。坚持使用微生物制剂是保持良好水质最有效的办法，既安全、实用又符合环保、健康、无公害水产养殖的发展潮流。