巴西鲷苗种运输的方法与四大家鱼苗种运输的方法几乎一样，有陆运、水运和空运。陆运有火车、汽车等，水运有活水船运输和轮船运输等，空运一般是采用尼龙袋充氧密封装箱运输。
1、尼龙袋充氧密封运输。
（1）尼龙袋的原料及规格 尼龙袋的原料为聚乙烯薄膜，规格为40厘米×70厘米。
（2）盛水量 盛水量为尼龙袋容积的1/4—l/3。
（3）苗种装运量 水花鱼苗每袋以5万—10万尾为宜，一只（60厘米×30厘米×30厘米）包装箱内，放置2只充氧的尼龙袋。如路途较远。则应酌情少装；装运夏花鱼种，因是6—8月份，气温水温都较高，不宜装得太密，一般每袋装运300—500尾为宜；装运冬片(春花)鱼种，规格为7—10厘米，每袋以装运50—80尾为宜。
一般在装运之前，先要进行试验，得出初步结果，再根据当时的水温、气温、运输距离、鱼体体质等因素，进行合理装运。
目前巴西鲷尼龙袋充氧运输，有3种包装方法，即：纸箱包装、泡沫箱包装和泡沫箱(内)加纸箱(外)包装。最后一种方法，通常在空运中采用。
巴西鲷夏花鱼种运输在6—8月份，外界的水温气温一般较高，过高的水温将导致巴西鲷苗种新陈代谢加快，代谢产物增多，耗氧量增加，影响运输的成活率。苗种运输，如遇高温季节，可采取以下方式以确保提高运输的成活率。
(1)降低运输用水的初始水温，一般采用冰块将运输用水的水温降至20—25℃。
(2)外包装采用泡沫箱密封包装，可以防止箱内水温过快升高。
(3)包装箱内放置一些冰块，以维持箱内相对较低的温度。
(4)如用汽车运输，在运输之前可在车上及包装箱上洒水再加上用油布将包装箱遮住，以降低气温的影响。
采用尼龙袋装运鱼苗、鱼种时还应注意以下事项：
(1)空运时，尼龙袋不能把氧气充得过足，为一般充气量的80％—90％即可，以免在高空中因气压下降而造成尼龙袋的破裂。
(2)用橡皮筋将袋口扎紧，经检查确认无漏水之后，方可装箱运输。
(3)抵达目的地后，要注意尼龙袋内、外的水温差。先将尼龙袋放入水中一段时间，使袋内水温与放养水体的水温基本一致，然后再慢慢将鱼苗、鱼种倾倒入水中。
(4)在鱼种运输之前，要经过2—3次的拉网锻炼。
(5)鱼苗鱼种在装入包装箱后，不能受阳光直接照射，也不能放在太阳晒过的板上，使箱内温度迅速升高，造成苗种死亡。
2．帆布篓、竹篓增氧运输 采用帆布篓、竹篓增氧运输，应考虑以下因素。
(1)密度 每篓装水400千克，当水温25—28℃时，装运鱼苗为15万—20万尾；装运夏花鱼种（3厘米）为3万—5万尾；装运春花（冬片）鱼种为0.5万尾左右。
（2）充气 目前一般采用氧气瓶纯氧充气。在充气时，应注意不能过猛，速度要均匀，只要以苗种不浮头为度。要根据路途远近及充气量多少，带足氧气瓶。
(3)水质 运输用水，一般以无污染的江河水或者池塘清水，也可用井水，水温的温差不宜超过3℃。对含氯量高的水，不宜使用。
3．塑料桶充氧运输 采用直径90厘米、高120厘米的小口塑料圆桶，内装一半水，一桶可装运鱼苗种50—75千克，装入鱼苗种后水位达3/4左右，另用氧气钢瓶接爆气石增氧。也可采用家用自来水蓄水桶，代替塑料圆桶。采用这种方法，具有运输工具简单、操作方便、运输成活率高的特点，适宜于中短距离的运输。
4．铁皮箱运输 采用100厘米×l00厘米×100厘米的铁皮水箱，装水3/4，用柴油机气泵或氧气钢瓶纯氧充氧。在运输时，在水箱上应加盖网片，以防巴西鲷跳出。每箱可装巴西鲷鱼种100—150千克。此法适宜于较长距离的运输。