水产养殖上使用的微生态制剂主要是通过高效调节水质或水体微生态环境而间接防止水产动物的疾病，在使用时应注意以下几点：
微生态制剂应在常温、阴凉处保存。
使用时应该注意产品说明书，特别注意产品保质期。
微生态制剂不可与杀菌剂、消毒剂和有杀菌作用的药物同时使用，必须间隔5~7天后再用。
有些微生态制剂使用时会耗氧而使水体缺氧，使用时应同时开启增氧机。
微生态制剂应坚持长期使用，视水质情况决定使用时间和剂量，一般10天左右宜使用一次。