在什么时期接种什么样的疫苗，是养禽者最为关注的问题。没有一个免疫程序是通用的，而生搬硬套别人现成的程序也不一定能获得最佳的免疫效果，唯一的办法是根据本场的实际情况，参考别人已成功的经验，结合免疫学的基本理论，制定适合本地或本场的免疫程序。在制定免疫程序时，应着重考虑下列因素。
1.本地禽病疫情。本地禽病疫情，尤其是本场的疫情，是制定免疫程序的关键。本场病史及目前仍有威胁的传染病对本地、本场尚未证实发生的疾病，必须证明确实已受到严重威胁时才能计划接种，对强毒型的疫苗更应非常慎重，非不得已不引进使用，避免疫苗免疫时带来的新病毒毒株，对本地或本场其他未免疫同类疫苗的鸡群构成威胁。
2.家禽的用途及饲养期。例如种鸡在开产前需要接种传染性法氏囊病油乳剂疫苗，而商品鸡则不需要。肉鸡免疫法氏囊时选择疫苗应注意和本地毒株相符，否则易引发法氏囊疾病或起不到免疫作用。本场种苗的外地禽病疫情。主要对于种鸡而言，应根据饲养地疫情及时加强免疫，提高商品鸡苗的母源抗体，防患于未然。
母源抗体的影响。鸡马立克氏病、鸡新城疫和传染性法氏囊病疫苗血清型(或毒株)选择时应认真考虑。母源抗体高时，免疫过早，容易中和部分母源抗体，影响免疫效果。
3.种属差异。不同种类的家禽以及同一种类内的不同品种对某些疾病抗病力不同，例如：土鸡、蛋鸡、种鸡、三黄鸡、肉鸡，由于其本身的原因，对传染病的抵抗力有所不同。
4.疫苗之间的干扰。如果接种时间安排不合理，不同疫苗之间会产生一定的干扰。如新城疫和鸡痘疫苗若同时使用，就会产生一定的干扰。
疫苗毒(菌)株血清型、亚型或毒株。所选择的疫苗要尽可能和本场毒株的血清型、亚型相符合。
疫苗剂型的选择。例如活苗或灭活苗、湿苗或冻干苗、细胞结合型和非细胞结合型疫苗之间的选择等，根据鸡只的大小、用途，合理选用疫苗。
疫苗生产厂家。要选择免疫效果好、质量有保证的厂家的疫苗，并且最好选用SPF疫苗。
疫苗剂量和稀释量。疫苗不能盲目加大剂量，剂量过大，容易引起免疫抑制。
免疫接种途径。不同的接种途径，同种疫苗产生的效果也不同，如油苗不能饮水使用。在新城疫活苗的免疫中，点眼和滴鼻产生的免疫抗体效果比饮水要高，并且抗体较均匀，尤其是点眼和滴鼻能使鸡体产生黏膜抗体，对从呼吸道传播的新城疫有坚强的抵抗力。
另外，要根据免疫检测结果及突发疾病的发生，经常监测免疫抗体效果，确定免疫程序，对于免疫失败的及时补防。