选择达标的水源。水源的选择要远离污染源，如工厂、生活区等废水排污线，最好选择自来水或深井水，要求无色、无味，微生物和矿物质含量要达到国家饮用水标准。
对非自来水供水的应在进入鸡舍的管道安装过滤器。特别是使用时间比较长的水塔和饮水管道更应该进行水质的过滤。
水源可疑或有轻度污染的可进行水质的消毒，消毒后监测合格的可以使用，消毒药常以漂白粉为主。使用方法：计算每次抽水量，以抽水量计算所需的漂白粉量，饮水消毒常用量为每立方米水加4克~8克漂白粉。注意经过消毒的饮水不能用于活疫苗饮水免疫，以免影响免疫效果。
饮水系统的清洗和消毒（以水线为例，水槽清理类似）。
根据鸡舍的卫生状况，定期对饮水管线外壁或水槽用清洁球进行手工擦拭（行车喂料的可以在料斗上安装毛刷，每次随着行车的移动进行水线的清扫），保持管线光亮如新，不给微生物有滋生的场所。建议每5天~7天清扫一次。
鸡舍温度适宜，水线内压力恒定，长期的饮水投药等使水线内壁形成一层营养膜，细菌、藻类等微生物极易生长繁殖，从而造成饮水水质污染。常用的处理方法是：①对于空栏鸡舍：排空饮水管道，用高压水枪冲洗以清除饮水管道内外的污垢。然后在饮水管中打入一些能清除生物膜的药物，如0.1%的过氧化氢或0.2%的赛可新等，滞留4小时后，用高压水抢冲出，把水排空后待用。②对于存栏鸡舍：清洁饮水管外壁后，每隔14天~30天，用压力泵将一些氯制剂等消毒剂打入饮水管道中，浓度按各种类产品使用说明书，用时要搅拌均匀，15分钟后开清水将药水冲掉，以防中毒。严重污染时可采用具有除垢功能的消毒剂，在晚上熄灯后以饮水用浓度放入水管中浸泡，第二天早上冲洗，以达到更好的消毒效果。