健全的消毒制度，就是要求从鸡舍的内外环境、饮水、饲料、鸡群到工作人员的正常出入和操作规程等都要有明确的消毒规定，以及保证这些规定在鸡场内顺利实施的具体措施，以保证鸡群的健康，杜绝各种传染病的发生。
但在实际工作中，一些养鸡户对消毒制度的概念缺乏完全的了解，90％的专业户舍内消毒很严，但在鸡舍门口不设消毒池；80％的专业户根本不穿消毒服和鞋；30％的专业户因邻里关系密切，随便让人进出鸡舍，内外环境较差；50％消毒方式单一，只注重空气消毒，不注重饮水、饲料消毒，而村镇养殖户用的水大部分是地表被污染的井水。
操作不规范
最突出的问题是疫苗瓶、剩余疫苗乱扔。90％的专业户根本不将疫苗瓶深埋处理，而是往往扔到河中、沟中、粪池、垃圾堆、闲置空地及田野上，而活毒疫苗在常温下会在空气中、水中、土壤中繁殖蔓延，毒力会越来越强，直接受到污染的水，从消化道感染就是最直接的途径，当鸡群的抵抗力降低或受到严重刺激时，鸡群就可能发病。随便串门来的很多养殖户缺乏科学严谨的防疫意识，东家聊天西家求经，回来时既无紫外线消毒，也不更换消毒服和鞋，就随随便便进入自家鸡舍，成为疾病的传播媒介。
粪便乱堆，病死鸡乱扔80％的专业户对病死鸡未作无害化处理，在公路旁、房屋后、空闲地乱扔乱倒，随它自然腐化，遇到阴天下雨，恶臭的粪水遍地流，严重污染地表水质，带有病原的水将通过消化道感染鸡群。
有些养殖户常常在鸡舍门口屠宰鸡，或者把病鸡随便扔给狗、猫，也不进行消毒处理，这样做是极其危险的，很多时候鸡群暴发疾病就是由于养殖户平时不注意这些细节而引起的。
预防措施不完善
在调查中发现，有的养鸡户在遇到天气突变或其他应激因素时不采取积极的预防措施，导致贼风吹入；天气变冷时以多喂预防上呼吸道感染的抗菌消炎药为主，天热时多喂清热泻火防止肠道感染的中、西抗病毒药为主。如遇到运鸡、抓鸡、各种异常的声响、免疫等应激因素时，更是增加维生素的饲喂量。
但部分养鸡户往往不知道预防的重要性，在实际工作中，他们往往是病后才求医、乱投药，反而延误了治疗的最佳时机，增大了开支，降低了经济效益。管理不到位饲养管理过程中常常换人，对正常的管理措施往往做得不全面，缺乏某些关键性环节。90％的专业户没有严格遵循科学的管理措施。有的长时间不清除粪便、不消毒；有时药拌不均匀而引起中毒；有的光照开关不及时，随意性大；有的图方便，只喂一次水和料；有的根本不注意观察鸡群，以致错过最佳治疗时机。
饲料质量不稳定
由于饲料品种繁多，不少养殖户无法鉴定哪个好差，只注重饲料价格，其结果是换了便宜饲料，产蛋鸡群普遍饮食减少，拉稀，产蛋量大减；肉鸡普遍不长，严重的会全群发病，得花一个多星期治疗才恢复。
有些养殖户用同一个厂家的饲料喂鸡，由于有些厂家只顾经济效益，忽视原料质量，使用一些低价变质的原料充好，不同批次的饲料质量也不相同，使鸡群在饲喂这些饲料后，很容易得病，常常造成巨大损失。