羊舍等消毒每年春秋各一次。羊舍常用的消毒药物和消毒方法如下：
①用生石灰加水配成10％～20％石灰乳，适用于消毒口蹄疫、传染性胸膜肺炎、羔羊腹泻等病原污染的圈舍、地面、用具及排泄物等。②3％～5％来苏尔溶液可供羊舍、用具和排泄物的消毒；2％～3％来苏尔溶液用于手术器械及洗手消毒。③0.5%过氧乙酸溶液用于喷洒地面、墙壁和食槽等。④1%～2%的氢氧化钠溶液用于被细菌、病毒污染的圈舍、地面和用具消毒。⑤0.5%～2%氯胺溶液用于被污染的器具和圈舍消毒。羊舍消毒应分两步走。先清扫，后用消毒液喷洒地面、墙壁和天花板；产房应在产羔前、中、后期进行多次消毒；病羊舍入口应有消毒池或浸有消毒液（2%～4%氢氧化钠溶液等）的麻袋片或草垫。门卫消毒：在出入口处经常放置浸有2%～4%的氢氧化钠或10%的克辽林消毒液的麻袋片或草垫。地面消毒：主要指运动场地面消毒。
每年春秋各消毒1次。可用含2.5%有效氯的漂白粉溶液、4%福尔马林或1%氢氧化钠溶液喷洒消毒。粪便污水消毒：主要采用生物热消毒法。即离羊舍100米以外把粪便堆积起来，上面覆盖10厘米厚的沙土，发酵1个月后即可。污水应引入污水处理池，加入漂白粉（或生石灰）进行消毒。消毒药用量视污水量而定，一般每升污水用2克～5克漂白粉。