在这次“南粤水更清”行动计划中，对畜禽养殖污染的治理是十分重要的一个方面。对此，农业部门就表示将通过进一步扩大禁养范围、推广集中饲养等方式，从源头上防止畜禽养殖对水域造成污染。
从2008年开始佛山南海区就已经着手畜禽养殖污染整治工作，到2011年，全区已关停畜禽养殖厂4330个，搬迁生猪41万多头，拆迁畜禽栏舍面积160万平方米，但是由于当初并没有将全部主干河涌的周边纳入禁养范围，导致边远地一些依河而建的畜禽养殖场依然存在。
区农林渔业局强调，所有禁养区内的畜禽养殖场必须在10月31日之前完成搬迁，而对适养区内一些符合条件的养殖场，将推广集中饲养、集中治污。