新疆的绿色、有机食品工作始于1992年。经过全区广大农业工作者17年的不懈努力，已基本探索出一条特色鲜明、思路清晰、形式多样、全面推进的发展之路，使绿色、有机食品产业始终朝着满足消费者安全需求的方向健康发展。尤其是近5年来，在产品认证、基地创建、市场监管、品牌建设和龙头企业培育等方面都取得了显著成绩，已成为构建农产品质量安全体系的重要组成部分，最大可能地为社会、为消费者生产并提供了足量优质安全食品。
目前全区共认证绿色食品230个，培育绿色食品生产企业87家，其中国家农业产业化龙头企业7家，自治区农业产业化龙头企业24家。共认证有机食品74个，培育有机食品生产企业16家。所认证的绿色、有机食品年总产量近145万吨，年总产值47亿元。
全区累计认证绿色、有机食品560多个，提供产品2200万吨，产值近500亿元。农业生态环境检测面积累计达到1500万亩，畜牧业草场检测面积3000万亩，渔业养殖水域检测面积447万亩。每年对30多家企业的40多个产品进行了年度检查，共完成5000多项次检测，抽检产品合格率均为100%。
自2005年国家提出开展绿色食品原料标准化生产基地创建工作4年来，全区20个县市创建了“全国绿色食品原料标准化生产基地”，总面积达519万亩，其中伊犁州直八县一市创建面积达到312万亩，占全区基地创建面积的60.1%。这519万亩基地涵盖了小麦、玉米、水稻、大豆、油葵、油菜等农作物，以及红枣、核桃、无核白葡萄等特色林果。绿色食品原料标准化生产基地的创建，有力地带动了各地主导产业的快速发展和农业产业化龙头企业的做大做强，已成为自治区农业产业化快速发展的一大亮点。
17年来，全区各地在积极推进绿色、有机食品产业发展的过程中，紧紧围绕特色资源优势，坚持“认证数量与产品质量、认证速度与发展水平”的有机结合，探索总结出了一些经验。
一是绿色、有机食品产业体系得以建立健全，推动了农业产业化的发展。创建绿色食品原料生产基地是绿色食品工作的重要内容，基地创建使农产品加工企业、龙头企业在“原料车间”与“加工车间”两个环节上，形成了有机结合，并促使“企业+中介组织+基地+农户”的产业化经营模式更趋完善。产业的形成与发展和企业规模的不断扩大，带动或组织更多的农民及农民专业合作社，参与到了农业产业化经营中来，实现了千万家农户与大市场的对接。
二是以农产品精深加工为核心，突出发展绿色、有机食品产业，有效延长了产业链。随着人们生活水平和消费意识的不断提高，安全、优质、营养的食品已成为消费者的共同愿望。各地、各企业在抓好绿色、有机食品原料产品、初加工产品生产销售的同时，在产品精深加工方面，规模不断扩大，产业链有效延长。据调查，在现有发展水平条件下，绿色食品生产企业的深加工产品的比重已达到48%，原料产品下降为29%，初加工产品保持在23%。
三是以绿色、有机食品产业发展为契机，培育打造农业名牌产品，提高了品牌社会效应。自治区各级政府采取政府推动、部门协作、龙头参与的形式，围绕主导产业和主导产品，以绿色、有机食品产业发展为契机，扶持壮大龙头企业，并以此培育区域性农产品品牌。国家绿色食品标准化原料生产基地创建活动的开展，促使基地农产品在生产上严格遵循标准化技术，为培育品牌奠定了质量基础。同时，许多农产品加工企业、龙头企业积极参与各项社会活动、各种农业博览会，加之绿色、有机食品标志的使用，为企业浓墨重彩树立了市场形象，并拥有相对稳定的消费群体。“乡都”葡萄酒、“楼兰”红枣、“巴口香”牛肉干等绿色、有机食品还走俏国内外。
四是政府推动，为绿色、有机食品产业发展营造了良好氛围。绿色、有机食品具有较高的公信力和影响力，全区许多县市都在基地创建、资金投入、技术保障等方面给予大力支持，保证了各项工作顺利开展。伊犁州连续3年都把绿色食品基地创建作为工作重点，使河谷内八县一市的绿色、有机食品产业发展位居全区前列。