从2018年起，国家发展改革委会同农业部整合、优化相关中央投资专项，重点支持畜牧大县整县推进畜禽粪污资源化利用基础设施建设。其中关于中央投资补助方式如下。
一、重点支持内容
中央投资重点支持内容包括畜禽粪污收集、贮存、处理、利用等环节的基础设施建设。项目县根据现有基础条件，按照“填平补齐”的原则确定项目建设内容。
1、规模化养殖场
一是，粪污处理利用设施。主要针对粪污全量收集还田利用、固体粪便堆肥利用、异位发酵床、粪便垫料回用、污水肥料化利用、污水达标排放等处理模式，支持养殖场建设储粪场、污水贮存池等粪便贮存设施，建设厌氧发酵池、氧化塘、污水深度处理、堆肥发酵等设施。
二是，粪污处理配套设施改造升级。主要支持与粪污处理利用相关的场区养殖设施设备，以及提升养殖标准化水平的配套设施设备建设，重点改进节水设备，建设雨污分流、暗沟布设的污水收集系统和漏缝地板、自动刮粪板等清粪设施，配备固液分离机等设备。
2、区域性粪污集中处理中心
支持周边中小规模养殖场户建设粪污收集储存设施和小型厌氧处理设施，支持建设粪污集中收集、贮存、有机肥生产加工等基础设施和购置相关设备，支持建设粪肥田间贮存池、铺设沼液（肥水）输送管网、购置粪肥专用输送车辆。
3、大型沼气工程
结合《全国农村沼气发展“十三五”规划》，以集中进行粪污处理、资源化利用的全量化能源利用模式，以及规模养殖场粪污处理和沼气利用并重的厌氧发酵模式为重点，支持专业化企业和规模养殖场建设厌氧消化装置总体容积500立方米以上大型沼气工程，兼顾清洁能源和有机肥料生产，实现“三沼”充分利用。具体包括原料收集、仓储和预处理系统、厌氧消化系统、沼气利用系统、沼肥利用系统、智能监控系统。对于给农户集中供气的项目，可适当考虑由同一业主建设的多个集中供气工程组成。
二、中央投资补助标准
按照国家统计局2015年相关统计数据，以生猪、牛存栏量（1头牛相当于5头猪）折算猪当量，确定中央预算内投资补助的分档标准。
其中，猪当量为50万头以下的，中央投资补助上限为3000万元；猪当量为51—99万头的，中央投资补助上限为4500万元；猪当量为100万头以上的，中央投资补助上限为6000万元。项目县申请中央投资补助总额不超过补助上限。项目方案如涉及大型沼气工程，按每立方米厌氧消化装置容积中央投资补助1500元，对单个沼气工程的中央补助资金不超过3000万元，补助比例不超过该项目投资的35%。
对其他项目中央补助资金不超过项目投资的50%。根据项目县改造任务、建设效果、项目管理和年度绩效考核情况，中央投资原则上分2年予以安排。
三、支持主体
中央预算内投资重点支持规模养殖场（户）、畜禽粪污集中处理的社会化服务组织等第三方机构。项目承担单位须为依法成立一年以上的企业或其他经济组织，其中大型沼气工程选项条件如下：
大型沼气工程选项
一、项目单位具有法人资格，具备沼气专业化运营的条件，配备必需的专业技术人才；具有较高的信用等级、较强的资金实力，能够落实承诺的自筹资金。如提纯生产规模化生物天然气，项目单位的经营范围应包括生物质能源或可再生能源的生产、销售、安全管理等内容，掌握规模化生物天然气生产的主要技术，对项目建设、运营的可行性进行了充分论证，优先安排具有天然气生产、销售等有关特许经营许可的项目单位。
二、工程具有充足、稳定的原料来源，能够保障沼气工程达到设计日产气量的原料需要。鼓励以畜禽粪便、农作物秸秆和园艺等多种农业有机废弃物作为发酵原料，确定合理的配比结构。对于规模化生物天然气工程，建设地点周边20公里范围内有数量足够、可以获取且价格稳定的有机废弃物，其中半径10公里以内核心区的原料要保障整个工程原料需求的80%以上；与原料供应方签订协议，建立完善的原料收储运体系，并考虑原料不足时的替代方案。
三、工程建设方案应参照国内外成功运行案例和运行监测数据，工艺技术和建设内容要符合有关标准规范要求。大型沼气工程执行《沼气工程规模分类》（NY／T667－2011）中对于发酵工艺和池容产气率的要求。规模化生物天然气工程采用中高温高浓度混合原料发酵工艺技术路线，池容产气率大于等于1，所产沼气提纯制取生物天然气（BNG）。沼渣生产固体有机肥，沼液加工制作液体有机肥。
四、要科学评估终端产品产出量、产品潜在用户、输送方式和距离、周边农田和农业生产对养分需求等因素，科学确定沼气工程终端产品的利用方式。其中，沼渣沼液的消纳标准应按照每立方米沼气生产能力配套0.5亩以上农田计算。要与用户签订供气、供电、沼肥利用协议，使工程所产沼气、沼渣沼液全部得到有效利用，确保沼气不排空，确保沼渣沼液不产生二次污染。
五、项目单位应委托有资质、有经验的专业机构承担项目设计、施工、监理等工作，成立或委托专业化运营机构承担日常维护管理。落实必要的流动资金，制定产品质量保证、成本控制、设施管护等管理制度，确保工程能安全、稳定、持续运行。
六、项目备案、土地、规划、能评、资金、安评等前期工作落实，配套条件较好。
（沼气圈）
大型沼气工程选项
大型沼气工程选项