为贯彻落实十七届三中全会和中央1号文件精神，2009年农业部进一步加强农产品质量安全例行监测工作，监测产品种类从4类增加到10类，监测参数从30项增加到68项，监测范围从36个直辖市、计划单列市和省会城市扩大到全国259个主要大中城市。全年共组织79个部级质检机构开展了三次例行监测，共抽检样品31991个，获取数据63万个。监测结果显示，按往年同期同口径统计，蔬菜、畜禽产品和水产品合格率为96.4%、99.5%、97.2%，与2008年相比分别提高了0.1、0.8和1.5个百分点，新增监测的水果、食用菌和茶叶合格率分别为98%、95.2%和94.8%。全年监测结果表明，随着农产品质量安全专项整治行动的深入开展，我国农产品质量安全水平稳步提升，总体状况向好。
农业部已将监测结果通报各地，要求对监测发现的突出问题进行认真整改，加大对不合格农产品及其生产经营企业的执法处罚力度，大力推进农业标准化生产，加强种养殖环节生产技术指导和服务，提高安全优质农产品有效供给能力。同时，对2010年农产品质量安全专项整治活动进行了专门部署，确定了整治重点和目标，以当前风险高、隐患大的农产品和农业投入品为重点，进一步强化整治措施，完善长效机制，加大对各类禁限用农药、兽药等农业投入品的监管力度，大规模开展园艺产品、畜产品、水产品标准化生产创建活动，进一步提高农产品质量安全水平，努力确保不发生重大农产品质量安全事件。